唐中晚期，来自西南山区仵作世家的少女楚楚，为实现当仵作的梦想独自来长安闯荡，参加仵作考试，遇到断案如神的安郡王萧瑾瑜。萧瑾瑜招收楚楚作为仵作搭档揭秘探案。楚楚的身世之谜一石激起千层浪，打破了京中多方势力平衡，一场明争暗斗的权力斗争随之展开。伴随着一个个的案件破解，楚楚和王爷等人组成的团队一步步揭开谜底最终破解了一场延续18年的惊天大案。萧瑾瑜和楚楚顺利成婚，而楚楚也获皇帝的最终认可，得到了皇帝亲赐的 “御赐仵作”身份，实现了自己的人生理想。
丁当在订婚前夕与初恋陈阿明重逢，却不料对方竟改名余坤并拥有了新身份。为治愈陈阿明因实验失败导致的人格分裂，丁当与友人暗中布局，以“糖衣”计划引导他直面过去的伤痛，从撕裂的情感与记忆中脱困。
该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
1992年，哈尔滨731陈列馆工作人员小金在整理史料时，发现这段历史的记录残缺不全，为寻找真相，他踏上了一场跨越数十年的跨国取证之旅，逐渐还原出那段被尘封的黑暗岁月真相。故事采取双时间线叙事，镜头回到日军侵华期间的哈尔滨，通过几个当事人的视角，深刻揭露日军731部队残酷的人体实验和泯灭人性的暴行，鞭笞日本军国主义的反人类本质，凸显中国人民坚韧的抗争精神。
